La flora es de importancia vital para la vida en el planeta. Contribuyen a la protección de los suelos, lo enriquecen en materia orgánica, purifican el aire y mantienen el equilibrio biológico, garantía del funcionamiento de los ecosistemas biológicos.
El municipio de San Juan y Martínez está formado por tres zonas bien diferenciadas, ellas son.
- Zona de montañas con un 52%
- Zona de llanura con un 46%
- Zona costera con un 2%. El cual conforman el total del territorio.
Su superficie boscosa está formada por vegetación de.
- Galerías
- Pinares
- Acuática
- Xeromorfa
- Mogotes
- Sabana antropizadas
- Manglares
- Ruderal. Entre otras.
Desde el punto de vista florístico se encuentran especies de suma importancia localizada en la zona de Cayo Ratones. Entre las que tenemos:
Los únicos dos pinos de Cuba Occidental el Pinus tropicalis y el Pinus caribaea, el helecho Metaxia rostrata en vía de extinción, además especies acuáticas. Marathrum cubanum y Tristicha trifaria, únicas en Cuba.
La flora además está conformada por las siguientes plantas.
Peralejos, Malagueta, Guaos, Palma real, Palma cana, Palma manaca, Hierba de la sangre, jibá, Bija, Yaba, Encino, Caña brava, Palo de caja, etc.
Entre la fauna tenemos las siguientes especies.
Tocororo, Aura tiñosa, Tomeguín del pinar, Azulejos, Negritos, Cartacuba, Gavilán, Gallinuelas, Lagartos, Aguaitacaimán, Garzas, Palomas rabiche, Tierreros, Guaraos, Pelícanos. Entre otros.
Cascada
Cayo Ratones
Gosnathia-mantuensis
Guano-prieto
Helecho
Marathrum-cubanum
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